病理学是研究疾病的病因、发病机制、病理变化、结局和转归的医学基础学科，是一门由基础医学跨入临床医学的“桥梁”学科.它在整个医学和医学教育中具有承上启下的作用，是一门多学科密切相关的综合性学科，它与其他前沿及新兴学科有着广泛交叉渗透，形成了许多新的分支学科，为人类认识疾病、防治疾病开辟了新的前景。病理学是现代医学教育中重要而不可缺少的一门必修课程。

病理学系始建于1939年，为我国首批硕士和博士学位授权学科。1995年成为吉林省重点学科，1998年被评为卫生部重点学科。2001年成为首批吉林大学精品课程，2002年被纳入教育部重点实验室建设计划，2003年成为该研究领域中唯一隶属教育部的重点实验室，2003年成为国家十五期间“211工程”重点建设项目平台，2004年成为吉林大学国家“985工程”二期建设项目“整合生物学科技创新平台”，2006年被批准为国家级精品课程，2007年成立了“吉林省干细胞组织工程科技创新中心”及“吉林省组织修复与再生医学工程研究中心”，2008年纳入国家十一五期间“211工程”三期重点建设项目平台。2005年、2010年和2016年均以良好成绩再次通过教育部重点实验室评估。病理学系也是吉林大学双基实验室、高等学校基础课实验评估合格单位及高等学校基础实验教学示范中心组成单位。

目前承担了吉林大学白求恩医学实验班、临床医学七年制、五年制临床医学专业、药学专业、护理专业及成人教育、留学生全英授课等多个轨道的教学任务。近年来，主编本学科全国规划教材8部、其中实验室学科带头人李玉林教授为国家级教学名师，2014年获中国高等医学教育杰出贡献奖。是我国规划教材《病理学》第六、七、八版的主编。也是研究生规划教材《分子病理学》的主编。在纸质版教材编写的基础上，顺应医学教育的发展趋势，担任“十二五”国家规划数字化教材《病理学》、及国家医学电子书包《病理学》的主编。2015年又被遴选为韩启德院士任主编的中国大百科全书《病理学》分支的主编。

实验室的教学团队被评为国家优秀教学团队，所讲授的《病理学》被评为国家精品课程。《干细胞基础与临床》课程为国家精品视频公开课，该课程获2014年吉林省高校教育技术奖三等奖。同时又是国家《病理学》精品资源共享课的主讲单位；联手第三军医大学推出的国家慕课《病理学》已于人卫慕课平台上线。

病理学系率先开展PBL、整合课程及教学虚拟实验教学系统。五年来获得各级教学改革项目22项，发表教学文章28篇。获国家教学成果二等奖1项及吉林省高等学校教育技术成果等奖励多项。

目前本学系每年承担常规及医疗纠纷尸检病理诊断40余例，同时承担省内疑难病例病理会诊工作，保证了教学标本的来源和补充。学系具有国内最大的标本资源库，共储存大体标本三千五百余个。

学系作为吉林大学病理生物学教育部重点实验室的主体，经过长期建设和发展，形成了具有一定优势和特色的主要研究方向，尤其是近几年，在肿瘤病理学及干细胞组织工程研究领域取得了很大的成就。实验室的主要研究方向包括：干细胞组织工程学；肿瘤病理生物学及其基因治疗；地理疾病病理生物学及新药创制及应用。。近年来，先后承担了国家“863计划”“973计划”等重点项目、国家自然科学基金重点及面上、博士点基金、省科委等科研项目及国际合作项目等百余项，获科研经费千余万元；获国家科技进步奖二等奖、中华医学科技奖及吉林省科技进步一等奖等各种奖励15余项，发表论文600余篇，其中SCI收录100余篇。

目前学系占地总面积近2000平方米，包括实验教室、教学准备室、标本制作室、标本储存室、研究室、尸检和活检室、档案资料及图书管理室、多功能会议室等；是集教学、科研、临床病理诊断、医疗纠纷鉴定及对外开放项目等为一体的交叉型、复合型的大型综合性学系。该学系以人为本，以稳定的研究方向为基础，以项目为纽带，成为学科建设、人才培养、科学研究的重要基地。